胎儿畸形的原因之遗传因素
畸形儿产生的内因主要来自遗传因素，这是由来自父母亲的遗传物质的异常而造成的。当遗传基因中的染色体的数目、结构可发生异常，则可造成畸胎。
致畸因素的作用时期：在怀孕早期(头三个月)器官分化发育迅速，对外界致畸因素最敏感，因此，这个时间是防止畸形最重要的时间点。不同的器官系统还有相应的致畸敏感期，例如神经系统为受精后15~77天，脑为受精后20~40天，受精后8周胚胎完成了除神经系统和生殖器官以外的器官的分化进入胎儿期，对外界致畸因素的敏感性相对降低。到孕后12周，外界致畸因素的影响就更小一些。
胎儿畸形的原因之染色体变异
人体内的遗传物质存在于细胞核内的染色体上，通常染色体是稳定的，但在日常生活中一些不良因素的影响下，染色体上的一个或多个基因(决定遗传性状的功能单位)发生了突变，则可造成畸胎。近亲结婚生育畸形儿的可能很大，某些遗传性疾病，致病基因是隐性的，只有当夫妇双方都携带这种隐性基因且结合时，后代才明显发病。近亲结婚的夫妇携带有相同致病基因的可能性明显大于一般群体。
胎儿畸形的原因之恶劣的生态环境
石油化工生产排放物污染大气，可使围产期新生儿及婴儿死亡率均有所上升，大气污染地区妊娠异常发生率显著提高，孕妇发生死产、自然流产、死胎、新生儿死亡和先天缺陷的比例明显高于非污染地区。怀孕初期孕妇经常接触放射线、有毒物质等，则很容易引起唇腭裂、先天性无肛门、食道闭锁等问题。而叶酸缺乏则会导致神经管畸形，如无脑儿、脊柱裂、先天性脑积水等。
